Le domaine de la santé constitue un élément important au sein de la vaste gamme de mandats qui émanent du Programme d’Action Décennal de l'OCI. Ceci est basé sur la prise de conscience du fait que la santé est essentielle au développement humain général et à la réduction de la pauvreté. Le Programme d’Action Décennal de l'OCI a recommandé au Secrétariat Général de l’OCI, en coordination avec d'autres Institutions de l'OCI, de prendre contact avec l'Organisation Mondiale de la Santé (OMS) ainsi qu’avec d'autres institutions concernées afin d’élaborer un programme pour lutter contre les maladies et les épidémies, ce qui doit être financés par le fond spécial qui sera créé au sein de la Banque Islamique de Développement (BID). Ce programme a également invité les Pays Membres à renforcer leurs lois visant à préserver les droits des enfants, en ayant des secteurs santé de hauts niveaux et les plus élevées possibles, à prendre des mesures efficaces afin d'éradiquer la poliomyélite et de les protéger contre toutes les formes de violence et d'exploitation.

Pour renforcer la coopération intra-OCI dans le secteur de la santé, trois Conférences Ministérielles et quatre Réunions du Comité Directeur ont eu lieu depuis 2007. Actuellement, le Comité Directeur de la Santé est composé de sept États Membres représentant les trois régions de l'OCI, le Secrétariat Général de l’OCI, les institutions de l'OCI comme la BID, SESRIC, ISESCO, COMSTECH et des Organisations Intergouvernementales comme l'OMS, les Nations Unies.